Embora a exclusão e a limpeza possam parecer as mesmas, elas definitivamente não são sinônimas. Um destina-se a remover o arquivo do seu computador e o outro é apenas um limpador que tenta curar os dados infectados. Além disso, a quarentena não faz nada disso!
De um modo geral, se é um worm ou trojan, a melhor opção é colocar em quarentena ou excluir. Se é um verdadeiro vírus, a melhor opção é limpar. No entanto, isso pressupõe que você é realmente capaz de distinguir exatamente o tipo que é, o que pode nem sempre ser o caso.

A melhor regra é proceder da opção mais segura para a mais segura. Comece limpando o vírus. Se o antivírus informar que não é possível limpá-lo, opte pela quarentena para ter tempo de examinar o que é e depois decida se deseja excluí-lo. Exclua o vírus somente se o scanner antivírus recomendar especificamente, se você fez uma pesquisa e descobriu que o arquivo é totalmente inútil e você está absolutamente certo de que não é um arquivo legítimo ou se simplesmente não há outra opção.
Vale a pena verificar as configurações do software antivírus para ver quais opções foram pré-configuradas para uso automático e ajustar de acordo.

Eu espero que isso ajude.

Saudações,
Lokesh